W historii Ziemi gatunki wymierały z różnych przyczyn. Gatunkowi zwierzęcia czy rośliny może grozić wymarcie, jeśli występuje on tylko na pewnym odizolowanym obszarze, np. na wyspie, gdzie środowisko nagle się zmienia w wyniku wybuchu wulkanu czy inwazji ludzi. Gatunek wymagający szczególnych warunków jest bardziej narażony na wyginięcie niż szeroko rozpowszechniony i niewyspecjalizowany. Na przykład koale, które żywią się jedynie młodymi liśćmi określonych rodzajów drzewa eukaliptusowego, są bardziej zagrożone wymarciem niż jelenie, zjadające liście wielu różnych drzew. Inną przyczynę zanikania pewnych roślin i zwierząt stanowią powolne przemiany, jakim ulegają w ciągu długiego czasu; w rezultacie przekształcają się w zupełnie inny gatunek. Niekiedy w określonym środowisku pojawia się nowy gatunek rośliny czy zwierzęcia, który okazuje się silniejszy od innych: bujniej rośnie, zachowuje się bardziej agresywnie lub rodzi liczniejsze potomstwo. W rezultacie ten nowy gatunek wypiera inne, które wcześniej występowały w danym środowisku, skazując je na wymarcie.